Dasar-dasar Klasifikasi

Penelaahan mengenai organisme untuk menetapkan suatu sistem klasifikasi yang mencerminkan dengan sebaik-baiknya semua persamaan dan perbedaannya dinamakan taksonomi. Kegiatan di dalam penyusunan taksonomi mikroorganisme adalah pengklasifikasian, penamaan dan pengidentifikasi yang kesemuanya disebut dengan sistematika mikroba.

Sistem klasifikasi biologi didasarkan pada hierarki taksonomi atau penamaan kelompok atau kategori yang menempatkan spesies pada satu ujung dunia dan di ujung dunia lainnya, dalam urutan: spesies – genus – famili ordo – kelas – filum atau divisi – dunia. Mikroorganisme, sebagaimana bentuk-bentuk kehidupan yang lain, diberi nama menurut nomenklatur sistem biner.

Klasifikasi bakteri menurut Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology pada umumnya diterima secara internasional. Manual ini direvisi secara berkala untuk memanfaatkan pengetahuan baru melalui penelitian dengan mikroorganisme dan melalui teknik-teknik baru untuk menganilisis data yang diperoleh. Bergey’s Manual edisi kedelapan yang sekarang ini, membagi semua bakteri menjadi 19 bagian (kelompok), dan masing-masing dicirikan oleh sifat-sifat morfologi atau metabolik yang nyata. Tekanan diberikan pada pengelompokan bakteri yang memiliki ciri-ciri umum dan mudah dikenali. Tidak ada usaha untuk mengatur penempatan mikroorganisme yang mencerminkan skema suatu perkembangan evolusi, sebagaimana dilakukan pada edisi-edisi sebelumnya. Alasannya ialah karena dalam banyak hal pengetahuan kita mengenai mikroorganisme belum lengkap.

Bakteri, sebagaimana tampak melalui uraian singkat mengenai 19 kelompok, memperlihatkan keragaman yang luas. Tidak ada organisme lain yang mempunyai kisaran ciri morfologi, fisiologi, dan metabolik yang seluas dan menyamai bakteri.

Enzim dan Metabolisme Bakteri

Klasifikasi enzim berlaku hanya untuk enzim-enzim tunggal, penamaan berdasarkan reaksi yang dikerjakan oleh enzim tersebut dan ditambah akhiran – ase.

Menurut Comission on Enzymes of the International Union of Biochemistry terdapat enam kelas utama Enzim yaitu:

1.	Oksidoreduktase	—>	Reaksi transfer elektron (atau pemindahan atom hidrogen)
2.	Transferase	—>	Transfer gugusan fungsional (mencakup fosfat, amino,metil, dsb)
3.	Hidrolase	—>	Reaksi hidrolisis (penambahan molekul air untuk memecahkan ikatan kimiawi)
4.	Liase	—>	Penambahan ikatan ganda pada molekul dan pengusiran non hidrolitik gugusan kimia
5.	Isomerase	—>	Reaksi Isomerasi
6.	Ligase	—>	Pembentukan ikatan disertai pemecahan atau penambahan ATP

Keadaan yang mempengaruhi aktivitas enzim adalah:

1. Konsentrasi enzim.
2. Konsentrasi substrat.
3. pH dan
4. Suhu

Setiap enzim berfungsi optimal pada pH dan temperatur tertentu. Suhu yang sangat rendah dapat menghentikan aktivitas enzim tetapi tidak menghancurkannya. Aktivitas enzim diatur melalui 2 cara yaitu

1. Pengendalian katalisis secara langsung dan
2. Pengendalian genetik.

Metabolisme pada bakteri pada dasarnya seperti yang terjadi pada sel-sel organisme lain secara umum. Reaksi metabolisme terdiri atas dua proses yang berlawanan. Metabolisme pertama adalah sintesis protoplasma dan penggunaan energi disebut anabolisme. Metabolisme kedua yaitu suatu proses oksidasi substrat yang diikuti perolehan energi disebut katabolisme